Harus diingat, perbandingan berikut adalah melibatkan transmisi manual dan transmisi automatik konvensional yang menggunakan penukar kilasan dan gear planetari. Jenis transmisi automatik lain seperti transmisi semi-automatik (AMT) atau transmisi boleh laras berterusan (CVT) tidak termasuk dalam perbandingan ini.

Kelebihan

• Transmisi manual lebih menjimatkan minyak serta lebih cekap daripada transmisi automatik.
• Kotak gear manual adalah lebih ringan daripada kotak gear automatik.
• Model kenderaan dengan transmisi manual adalah lebih murah daripada model yang sama tetapi dengan transmisi automatik.
• Transmisi manual tidak memerlukan sistem penyejukan aktif berbanding transmisi automatik yang banyak menghasilkan haba.
• Pemandu mempunyai lebih kawalan serta penyertaan terhadap transmisi manual merbanding transmisi automatik, sekaligus mendidik pemandu untuk memberikan lebih tumpuan terhadap pemanduan serta tidak menggalakkan pemandu daripada melakukan sebarang perkara yang boleh menjejaskan tumpuan.
• Kereta transmisi manual yang baterinya lemah masih boleh dihidupkan dengan meminta bantuan beberapa orang untuk menolak kereta dan pemandu pula memasukkan gear 3 apabila sudah cukup laju untuk dihidupkan. Kaedah ini tidak dapat dilakukan pada transmisi automatik kerana sistem hidraulik tidak dapat berfungsi apabila enjin tidak dapat dihidupkan.
• Transmisi manual masih boleh berfungsi walaupun dalam keadaan terbalik. Transmisi automatik pula mempunyai takungan hidraulik, maka sistem hidraulik akan gagal apabila kenderaan terbalik.

Kelemahan

Kebanyakan daripada kelemahan pada transmisi manual boleh diatasi melalui pengalaman dan latihan kepada pemandu, namun masih terdapat beberapa kelemahan yang nyata pada transmisi manual:-

• Penukaran gear yang lancar, pantas dan pasti pada transmisi automatik tidak dapat dijamin pada transmisi manual.
• Transmisi manual membebankan pemandu semasa mengharungi kesesakan jalan raya yang sangat teruk.
• Transmisi manual tidak sesuai digunakan oleh orang kurang upaya. Jika boleh pun, proses pengubahsuaian adalah sukar dan ekstensif.
• Cakera klac boleh haus maka perlu ditukar secara berkala. Namun demikian, kos penyelenggaraan jangka panjang bagi transmisi manual masih lagi lebih rendah daripada transmisi automatik.